La prévention est la méthode la plus efficace pour l'ACIA pour protéger les ressources végétales. Cependant, si une maladie des plantes entrait au Canada, le but de l'Agence serait de réduire son incidence.
- Anthracnose du ginseng - Colletotrichum panacicola
- Chancre du mélèze d'Europe - Lachnellula willkommii
- Chancre scléroderrien – Gremmeniella abietina
- Encre des chênes rouges – Phytophthora ramorum
- Excoriose de la vigne – Phomopsis viticola
- Flétrissement du chêne
- Flétrissure bactérienne des pélargoniums – Ralstonia solanacearum
- Galle verruqueuse de la pomme de terre
- Jaunisse de la vigne – Flavescence dorée et Bois noir
- La maladie des proliférations du pommier
- Le potyvirus de la sharka du prunier
- Le viroïde de la filosité des tubercules de la pomme de terre (PSTVd)
- Maladie hollandaise de l'orme (MHO) Ophiostoma ulmi et Ophistoma novo-ulmi
- Phytophthora abietivora
- Rayure verticillienne du canola ou du colza – Verticillium longisporum
- Rouille du soja – Phakopsora pachyrhizi
- Virus du fruit rugueux brun de la tomate
- Virus du sommet touffu de la pomme de terre (VSTPT)