L'Agence canadienne d'inspection des aliments (ACIA) est dirigée par un président qui relève du ministre de la Santé et travaille en étroite collaboration avec le ministre de l'Agriculture et de l'Agroalimentaire et du Développement économique rural. L'ACIA dispose d'une structure de gouvernance intégrée où tous les chefs de direction générale assument des responsabilités particulières qui contribuent à l'atteinte de chacun des objectifs stratégiques de l'ACIA.